Con el correr de los años comenzaron a acusar diversos problemas mecánicos, especialmente en su planta motriz. Por tal motivo en 1979 se encarga a la firma FIAT la remotorización de cuatro unidades que reciben el modelo A-230/8, un desarrollo de Grandes Motores Diesel sobre el popular FDL de General Electric. A mediados de la década del 80 el mismo motor le es aplicado a otras ocho unidades que, junto con aquellas, pasan a ser atendidas por el taller Córdoba del Ferrocarril Belgrano cuyo personal estaba familiarizado con los motores FIAT. Recibieron además algunas actualizaciones tecnológicas en su sistema de control, modernizado ahora con la utilización de la electrónica. El resultado, sin embargo, distó de ser el esperado y en 1987 catorce de ellas son sometidas a una nueva remotorización en Talleres Pérez. Esta vez reciben los motores Alco 251B retirados de las locomotoras Alco RSD-16 que estaban siendo reconstruidas por Materfer, convenientemente reacondicionados y desrateados para adecuar su potencia a la requerida.
Los años 90 encontraron a las GAIA afectadas a servicios de carga y algunos de pasajeros (Villa Ballester a Zárate y San Pedro o Victoria – Capilla del Señor). Por entonces, un cambio de imagen institucional ensayado por la empresa Ferrocarriles Argentinos alcanzó a las unidadades 6205, 6255, 6281, 6299 y 6342 que pasaron a lucir una novedosa decoración en colores blanco, azul y rojo, aunque con algunas variaciones respecto al esquema que en igual combinación cromática se aplicó sobre otros modelos de locomotoras.
Pero, además, otras dos unidades se diferenciaron luciendo curiosas combinaciones cromáticas fuera de todo estándar. La primera de ellas (5242) lucía un intenso color azul en toda su carrocería, cortado por una banda plateada que remataba formando una combinación con las letras «FA» sobre el capó corto y el logo «TR» (por talleres Rosario) en el frente opuesto. La otra unidad (5245) recibió una decoración parecida a aquella, pero con banda blanca en lugar de plateado. El logo del capó largo, además, hacía referencia a Talleres Pérez, en el que cumplía tareas de pilota de maniobras. Tiempo después recibió una nueva decoración, similar a la anterior pero en colores rojo y amarillo. Sin embargo, lució aún mucho más vistosa con una tercera decoración para servicio interno que combinaba los colores naranja, blanco y marrón.
En el año 1992, como paso previo al proceso de concesión de los servicios ferroviarios a operadoras privadas se crea la empresa estatal Ferrocarriles Metropolitano S.A. (FEMESA) que tomó a cargo los servicios suburbanos de pasajeros de Buenos Aires. Ésta recibe catorce GAIA que renumera de acuerdo a la línea de pertenencia (como muestra el insert en la foto siguiente) y utiliza principalmente en la corrida de los servicios Retiro – Pilar de la línea San Martin, Haedo – Temperley y Mercedes – Moreno en el Sarmiento y Victoria – Capilla del Señor en el Mitre. [Leer la tercera parte]