Luego que el Ferrocarril del Sud adquiriera el Buenos Aires y Puerto Ensenada en julio de 1898 mantuvo durante algún tiempo los servicios que tenían su origen y destino en Casa Amarilla, convertida en cabecera tras el incendio que había reducido a cenizas el edificio de la estación Central. Este esquema duró unos pocos años ya que en octubre de 1910, habiendo concluido las obras del acceso elevado a Plaza Constitución, concentró en ella todo el tráfico de pasajeros relegando a la carga las vías de su antiguo competidor.
Para el gobierno de los trenes instaló una cabina de señales de empalme a la altura de la calle California (desde donde nacía la nueva traza) que bautizó Empalme Barraca Peña y estaba construida en el diseño tradicional inglés de una planta; íntegramente en madera salvo la parte inferior de mampostería, y el techo de chapas de zinc. La máquina de enclavamiento albergaba 15 palancas dispuestas para el accionamiento de las señales, de las agujas de los cambios de vías y de los cerrojos de seguridad que las protegían. A esto se sumaba un torno a volante para subir y bajar las barreras del paso a nivel de la calle California.
La sección de bloqueo hacia el sur terminaba en la cabina de señales Pedro de Mendoza, que se ubicaba a 300 metros de distancia sobre la calle del mismo nombre, junto al nuevo puente levadizo y el tráfico de trenes entre ambas se realizaba mediante el sistema de bloqueo absoluto para vía sencilla, con el empleo de bastones piloto provistos por un aparato de bloqueo «Staff, Webb y Thompson». Idéntico sistema era empleado para con la sección de bloqueo hacia el norte, con la cabina de señales Empalme Brown, que se encontraba a unos 900 metros de distancia junto al paso a nivel de la calle Olavaria y controlaba la entrada a la playa de maniobras y estación de cargas de Casa Amarilla.
Inmediatamente después de la inauguración del puente levadizo en diciembre de 1913 el tráfico de trenes por el antiguo ramal del ex Ensenada hacia Avellaneda quedó interrumpido, aunque la estación Tres Esquinas (ubicada en Osvaldo Cruz y Montes de Oca) continuó recibiendo tráfico de carga hasta su cierre en 1922. De allí en más la cabina de empalme sirvió exclusivamente a la estación Barraca Peña hasta su clausura definitiva en 1971.
El tráfico de trenes entre Casa Amarilla y Kilo 5, que a fines de la década de 1940 registraba un total de 26 trenes diarios, fue mermando con el correr de los años; en 1970 se colocó la denominada «bitrocha» (en rigor trocha mixta) por lo que comenzaron a circular algunos trenes de carga pesados del ferrocarril Belgrano que procedentes de la playa Saldías en Retiro llegaban a Puente Alsina y Tapiales. El tráfico de cereales a granel del Ferrocarril Roca hacia el puerto de Buenos Aires siguió siendo de importancia, y a ello se agregó en forma intermitente y en horas nocturnas el paso de algunos trenes de pasajeros de larga distancia que procedentes de Córdoba y Mendoza se dirigían a Mar del Plata.
Al desviarse el tráfico de cereales a otros puertos y con el cierre de Casa Amarilla en vísperas de las privatizaciones ferroviarias, las cabinas de señales del ramal fueron clausuradas y su equipo y mobiliario retirados; sólo quedaron los edificios cerrados con sus marcos de palancas, y en algunos casos como el de empalme Barraca Peña, la acción del tiempo y el vandalismo la llevaron a su tu total desaparición.
